Como respuesta general podemos decir que SI, ya que se optimizan para reducir el peso y mejorar aun más la carga del sitio. Esto no implica que el sitio vaya a cambiar, en el 99% de los casos no notarás ninguna diferencia más que la mejora en la velocidad de carga y la conversión.

De cualquier forma, es posible evitar que el servidor CDN optimice o modifique cualquier archivo, para mantenerlo tal como los subido a tu cuenta siempre. Esto se realiza desde la configuración del CDN en tu panel de control cPanel.